学校于 2014 年启动北京十一晋元中学的筹建工作，由十一学校进行统一管理。晋元分校为海淀区教委所属公立初中校，学校开学前，所有教师将在十一学校本部从事教育教学管理工作。北京十一晋元中学目前已构建了一批由北京大学、 清华大学、 中国科学院大学、北京师范大学、北京航天航空大学等名校毕业生及省特级教师、 省学科带头人、省骨干教师组成的优秀教师队伍。学校将全力推行十一学校教学改革探索模式，延续十一综合教育改革实验成功经验。